좀 질문이 너무 두리뭉실합니다.
이런 질문에 대해서는 누구도 답을 명확히 못줄 겁니다만,

환경인허가는 기존 공장과 별개입니다.
혹시나 아직 법적으로 살아있는 기존 공장을 인수(주시만 인수)한다면 모든 권한과 의무가 전수됩니다.
물론 이때도 내국인기업에서 외투기업으로 전환된다면 또 다른 법령을 적용받겠지만요.