이 사원은 언제, 누가 만들었을까? 그것을 추측하려면 자바섬의 고대 역사를 알아야 한다. 자바의 전설에 의하면 1세기 무렵 인도인이 불교를 전파했다. 그러나 414년에 인도를 여행하고 돌아오는 길에 자바섬에 들러 약 5개월간 체류했던 중국 승려 법현(法顯)의 ‘불국기(佛國記)’에 보면 그 당시 힌두교도 널리 퍼졌다고 한다. 자바섬에서는 이처럼 불교와 힌두교가 서로 영향을 주고받으며 함께 발전했는데, 8세기 중엽에 나타난 마타람 왕국은 힌두교를 믿었고, 근처에서 일어난 사이렌드라 왕국은 불교를 믿었다. 이 두 왕국은 서로 경쟁했고, 8세기 중엽쯤 나타나 마타람 왕국을 눌렀던 사이렌드라 왕국도 9세기 중엽쯤에 멸망한다. 보루부두르 사원은 9세기쯤 사이렌드라 왕국이 만든 것으로 보이지만, 추정일 뿐이다. 그러나 사이렌드라 왕국 자체가 수수께끼에 싸여 있고 어떤 과정을 통해 망했는지 기록이 없기 때문이다.